שריפת ליבת מפריד השמן אינה שכיחה במהלך פעולת מדחס האוויר, אך היא מתרחשת מדי פעם. הביטויים העיקריים הם שמסך הסינון של ליבת מפריד השמן מפוחם חלקי או מלא, ואפילו מעטפת המתכת של ליבת מפריד השמן נשרף.
הסיבה העיקרית לתקלות כאלה היא:
(1) איכות שמן מדחס האוויר ירודה.
(2) איכות ליבת מפריד השמן עצמה ירודה מדי;
(3) בעת התקנת ליבת מפריד השמן, אם אין חיבור אמין בין בית ליבת מפריד השמן לדלי מפריד השמן, לא ניתן להארקה. כאשר יש חשמל סטטי, ערפל השמן יוצת ובכך ישרף את ליבת מפריד השמן.